如果我们已经谈论了优点，那么也值得关注一下缺点。所谓的“转基因争端”就是欧盟与其他世贸组织成员国持有截然不同观点的典型例子。 2003年，美国、加拿大和阿根廷对欧盟提起诉讼。问题在于，20世纪90年代初，欧盟批准使用多种转基因作物，但在经历了一系列流行病和各种疾病的爆发后，欧盟国家对转基因的审批程序被暂停，在一些欧盟成员国，转基因作物甚至被彻底禁止。
在2003年的一场诉讼中，原告方试图向转 华人海外数据 基因产品开放欧洲市场。欧盟试图呼吁，称有关转基因生物的法律已经更新，不再给投诉国家制造障碍，但检查显示，在9个出台国家禁令的国家中，有8个国家拒绝废除这些禁令。
最终，世贸组织认为新规则被过度拖延，但拒绝考虑阿根廷和加拿大的论点，即转基因作物与天然作物“相似”，这意味着针对它们的任何壁垒都将违反世贸组织法律。 2009年，冲突各方签署了争端最终解决方案。因此，争端双方尽管观点存在矛盾，但还是能够达成替代协议。
由此我们可以得出这样的结论：在国际谈判中，欧盟通常被视为保守的行为者，受到从27个成员国获得支持的程序耗时长长以及体制上的限制。